ฝ่ายวิชาการ เป็นหน่วยขึ้นตรงกรมยุทธศึกษาทหารเรือ ซึ่งมีการพัฒนาตามลำดับพอสรุปเป็นสังเขปได้ ดังต่อไปนี้ พ.ศ.๒๕๕๒ มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการและกำหนดหน้าที่ของส่วนราชการ กองทัพเรือ กองทัพไทย และกระทรวงกลาโหม พ.ศ.๒๕๕๒ โดยจัดส่วนราชการใหม่ โดยสถาบันวิชาการทหารเรือชั้นสูง ถูกปรับยุบรวมหน่วยเป็นหน่วยขึ้นตรงของกรมยุทธศึกษาทหารเรือ เมื่อ ๑ เม.ย.๕๒ ตามคำสั่งกองทัพเรือ (เฉพาะ) ที่ ๕/๒๕๕๒ เรื่องแก้อัตรากองทัพเรือ ได้ยกเลิกอัตราเฉพาะกิจ หมายเลข ๔๒๐๐ สถาบันวิชาการทหารเรือชั้นสูง ฝ่ายวิชาการจึงเป็นหน่วยขึ้นตรงของกรมยุทธศึกษาทหารเรือ เมื่อ ๑ เม.ย.๕๒ โดยสถานที่ตั้งของฝ่ายวิชาการ อยู่ที่ชั้น ๑ และ ๒ ในอาคารสถาบันวิชาการทหารเรือชั้นสูง